Matthias Janz urodził się w Lubece. Już we wczesnym dzieciństwie pobierał pierwsze lekcje muzyki. Studiował dyrygenturę, śpiew, muzykę kościelną, a także grę na organach i klawesynie.

Był organistą w kościele miejskim, a od 1975r. obejmuje posadę organisty i kantora przy kościele Najświętszej Marii we Flensburgu. Od 1978 wykłada w Musikhochschule w Lubece. Prowadzi przedmioty z zakresu chóralistyki i gry organowej, od 1992 roku jako profesor tejże uczelni. W 1981r. otrzymuje Nagrodę oraz tytuł „Kirchenmusikdirektor” (Dyrektor muzyki kościelnej) Miasta Flensburg.

Od 1985r. kieruje chórem symfonicznym w Hamburgu, a od 1991 Collegium Vocale. Jako dyrygent poprowadził wiele prestiżowych koncertów. Występował niemal we wszystkich krajach Europy, w USA oraz Południowej Afryce, zarówno jako dyrygent, jak i organista i klawesynista.